Penis mutilasyonu çeşitli inanç ve kültürlerde erkek çocukların çocukluktan ‘’erkekliğe’’ geçişini temsil eden, erkek olmanın bir ön koşulu olarak kabul edilerek penisin glans kısmının çıkarılması işlemini içeren bir prosedürdür. Penis mutilasyonunun çocuklarda üriner sistem enfeksiyonlarına ve cinsel yolla aktarılan enfeksiyonlara karşı koruyucu olduğu iddia edilerek bu durum bilimsel bir temele oturtulmak istese de bilimin ilerleyişiyle gerçeklerin böyle olmadığı gösterilmiştir.
İdrar yolu enfeksiyonları 1 yaş altındaki çocuklarda %1’in altındadır. Sünnetin komplikasyonları ise ortalama %2 civarındadır. Dolayısıyla antibiyoterapi ile çok rahat tedavi edilebilecek bir enfeksiyon için komplikasyon gelişme olasılığı daha yüksek olan ve çocuğun bedeninde geri dönüşümsüz değişiklikler meydana getiren bir işlem yapmak bilimsel olarak mantıklı değildir. Sünnetin cinsel yolla aktarılan enfeksiyonlara karşı koruyucu olduğu gösterilmiştir ancak bu sünnetin cinsel yolla aktarılan enfeksiyonlardan kişileri korumak için bir sağlık politikası olması gerektiği anlamına gelmez. Sünnetin, cinsel yolla aktarılan enfeksiyonlardan koruyuculuğu pek çok çalışmada istatistiksel olarak anlamlı olmamakla birlikte cinsel yolla aktarılan enfeksiyonlardan korunmanın kondom kullanmak gibi çok daha basit, girişimsel olmayan, yüksek koruyuculuk sağlayan yolları da söz konusudur. Kapsamlı ve yapılandırılmış bir cinsellik eğitimi ile ergenlere kondom kullanmaları gerektiğini öğretmek yerine vücutlarında geri dönüşümsüz değişiklikler yapmak bilimsel temellere oturtulamaz.
Her şeyin nihayetinde onayı olamayacak bir yaş grubunda gerçekleştirilen penis mutilasyonu, geri dönüşümsüz olması nedeniyle de insan hakları ihlalidir ve çocuk istismarı tanımının içerisinde yer alır. Kişiler sünnet olmak isteyip istemediklerine reşit olduklarında kendileri karar vermelidir. Son zamanlarda Türkiye’de ve dünyada birçok önemli sağlık otoritesi bu işleme karşı çıkmakta ve performe etmeyi bırakmaktadır.